
从7587个磷酸化位点里,MFF为什么会被“捞”出来?
这项研究的起点不是某个预设靶点,而是一次相当系统的磷酸化蛋白质组学(phosphoproteomics)筛选。
研究人员分别诱导HeLa细胞发生铁死亡、凋亡(apoptosis)和程序性坏死(necroptosis),并将不同死亡模式的死亡比例控制在20%~40%,尽量保证不同组之间具有可比性。最终,他们获得了7587个高质量定量磷酸化位点,来自3144种磷酸化蛋白。
主成分分析(PCA)显示,不同细胞死亡方式形成了各自相对独立的磷酸化特征。也就是说,细胞虽然最终都走向死亡,但内部启动的信号网络并不相同。
研究人员随后把注意力集中到与铁死亡高度相关的候选蛋白,并逐一进行过表达和敲低实验。结果非常突出:在高排名候选中,只有MFF在RSL3和erastin诱导的铁死亡中均表现出超过30%的增强效应;反过来敲低MFF,则产生了最明显的保护作用。
更关键的是,MFF的Ser155磷酸化在铁死亡条件下明显富集。
|
MFF究竟只是细胞受到严重氧化损伤后出现变化的“伴随现象”,还是参与决定细胞是否进入铁死亡的功能节点? |
敲掉MFF之后,细胞对铁死亡明显“没那么敏感了”
接下来的一系列实验开始回答因果关系。
研究人员通过CRISPR–Cas9敲除MFF后,RSL3和erastin诱导的细胞死亡均明显下降;重新表达MFF,则可以恢复这种铁死亡敏感性。
即使不是用药物,而是直接敲除GPX4来推动铁死亡,MFF缺失仍然具有保护作用。
但有意思的是,这种保护具有相当明显的死亡方式选择性。
MFF缺失对于STS诱导的凋亡,以及多种条件诱导的程序性坏死,影响很小或者没有明显影响。类似的铁死亡保护作用还在HT-1080、SH-SY5Y、HepG2、A549等多种细胞中得到验证。
与此同时,MFF缺失还能降低铁死亡过程中乳酸脱氢酶(LDH)释放、脂质过氧化和活性氧(reactive oxygen species, ROS)生成。
因此,至少在作者测试的这些细胞模型中,MFF并不是一个泛化的“细胞死亡蛋白”,它对铁死亡表现出了较强的选择性。
这也与MFF原有的生物学功能连接起来。
MFF位于线粒体外膜,可以募集动力蛋白相关蛋白1(dynamin-related protein 1, DRP1),推动线粒体分裂。研究中,无论敲除MFF还是DRP1,都可以明显减弱RSL3诱导的铁死亡;而在MFF和DRP1双敲除细胞中,只有同时重新表达二者,才能有效恢复铁死亡敏感性。
|
细胞器的“分裂”,究竟只是铁死亡造成的形态改变,还是死亡程序的一部分? |
铁死亡过程中,被同时重塑的不只有线粒体
这可能是整项研究最值得关注的部分。
RSL3、erastin以及GPX4或SLC7A11缺失都可以造成明显的线粒体碎片化。更早的时候,线粒体膜电位已经下降,线粒体ROS开始升高,而此时细胞膜还没有完全失去完整性。
换句话说,线粒体异常不是细胞已经死亡之后才出现的结果。
但MFF影响的还不只是线粒体。
研究人员观察到,铁死亡过程中过氧化物酶体(peroxisome)也发生明显碎片化,其中ROS水平在RSL3或erastin处理后大约升高两倍。敲低MFF或DRP1,可以同时缓解线粒体和过氧化物酶体的碎片化与ROS积累。
随后,研究人员进一步削弱这两个细胞器的功能。
在缺失线粒体DNA的ρ0细胞中,重新表达MFF所带来的铁死亡促进作用明显减弱;缺失过氧化物酶体关键蛋白PEX5时也出现类似现象。而同时削弱线粒体DNA和PEX5后,RSL3诱导的细胞死亡几乎被消除。
这意味着,MFF所推动的铁死亡并不能简单理解为“线粒体坏了”。
它更像是一个由多个细胞器共同参与的放大网络。
铁死亡刺激后,线粒体与过氧化物酶体之间的物理接触增加,而且两者之间出现相互促进的ROS放大。值得注意的是,这种跨细胞器ROS交流在RSL3处理后60分钟内就已经可以观察到。
因此,在该研究提出的模型中,细胞器之间的交流不是死亡末期的附带现象,而可能属于铁死亡较早阶段的主动事件。
17-HETE把脂质代谢信号送到了MFF
问题随之向上游推进:是谁告诉MFF“现在该启动分裂了”?
研究人员进行了二十碳烷酸类代谢组学(eicosanoid metabolomics)分析,发现铁死亡过程中17-HETE和5,6-diHETE出现选择性积累。
但二者并不相同。
虽然两种分子都可以增强铁死亡,只有17-HETE的作用明显依赖MFF。
单独加入17-HETE,就足以促进线粒体和过氧化物酶体碎片化,同时增强二者之间的物理联系;MFF缺失后,这些变化大部分消失。
继续向上游追踪,研究人员发现细胞色素P450酶CYP4A11在RSL3或erastin处理后升高。敲除CYP4A11会削弱内源性17-HETE积累、线粒体碎片化和铁死亡,而直接补充17-HETE则能够绕过CYP4A11。
|
CYP4A11 → 17-HETE → MFF → 线粒体/过氧化物酶体重塑 → 氧化应激放大 → 铁死亡 |
而MFF真正接收这个信号的位置,集中到了一个氨基酸——Ser155。
一个Ser155位点,让MFF同时具有“传感”和“执行”能力
为了验证Ser155究竟是不是功能位点,研究人员在MFF敲除细胞中分别重新表达野生型MFF、不能被磷酸化的S155A突变体,以及模拟磷酸化状态的S155D突变体。
结果显示,S155A能够维持相对延长的线粒体和过氧化物酶体形态,并显著降低铁死亡。
与此同时,RSL3和erastin刺激后,MFF Ser155的磷酸化随时间逐渐增加;加入铁死亡抑制剂liproxstatin-1、ferrostatin-1或者铁螯合剂deferoxamine后,这一变化被明显阻断。
而在研究人员检测的凋亡和程序性坏死模型中,并没有观察到同样的Ser155磷酸化增强。
更进一步,在心肌缺血–再灌注以及高脂高胆固醇饮食诱导的脂肪肝动物模型中,也观察到了Ser155磷酸化升高。
这让MFF具备了一个很有意思的双重身份:
|
它既能够感知(sense)铁死亡相关信号,又能进一步执行和放大(govern/amplify)铁死亡过程。 |
不过需要强调:这些结果支持MFF Ser155磷酸化在作者测试模型中具有较好的铁死亡选择性,还不能直接等同于已经建立了适用于人体疾病诊断的“铁死亡特异性生物标志物”。
看不见的磷酸化事件,被变成了实时出现的绿色液滴
研究的另一个亮点,是研究人员没有止步于机制,而是进一步开发了一个名为MFF–SPARK的活细胞传感器。
原理并不复杂:当MFF Ser155对应的底物片段发生磷酸化后,两个组件发生结合并产生相分离(phase separation),在显微镜下形成绿色液滴;发生去磷酸化后,液滴又可以减少。
这样,原本需要裂解细胞后通过免疫印迹观察的磷酸化事件,就可以在活细胞中进行动态追踪。
这个传感器对RSL3的半数有效浓度(EC50)为213.4 nM。加入RSL3后仅约20分钟便可以检测到信号,最大响应达到基线的4.2倍。
其他经典铁死亡刺激同样可以激活它:ML162约12分钟出现响应,最高约3.2倍;FINO2约12分钟、3.7倍;erastin约60分钟、3.9倍;铁源FAC约80分钟、4.0倍。
相反,研究人员测试的凋亡和程序性坏死刺激没有产生类似响应。
因此,MFF–SPARK的价值不只是“又做了一个荧光探针”。
它把一个机制节点变成了可以实时检测、定量比较,并直接用于高通量筛选的功能性读出系统。
当然,它检测的是MFF Ser155这一特定分支的激活程度,而不是对所有生物学背景下所有类型铁死亡的无条件判定。
谁踩下油门,谁又负责刹车?
有了MFF–SPARK,研究人员开始寻找控制Ser155磷酸化的上游酶。
在多种候选激酶中,蛋白激酶C(protein kinase C, PKC)的作用最突出。进一步比较PKCα、β、γ、δ和ζ后,只有PKCβ能够强烈激活MFF–SPARK。
敲除PKCβ后,RSL3诱导的MFF Ser155磷酸化明显下降;重新表达有活性的PKCβ则可以恢复效应,而激酶失活型PKCβ不行。
另一边,研究人员利用一个大约包含200种磷酸酶的内部文库进行筛选,找到了DUSP22。
DUSP22可以直接与MFF相互作用,并对Ser155进行去磷酸化。失去DUSP22后,细胞对铁死亡更加敏感;但如果MFF本身已经缺失,或者换成不能发生Ser155磷酸化的S155A突变体,这种效应就大幅减弱。
更巧妙的一点在于,RSL3和17-HETE同时从两个方向推动这个开关:一方面促进PKCβ活化和膜转位,另一方面降低DUSP22水平。
|
PKCβ负责增加MFF Ser155磷酸化,DUSP22负责将它去磷酸化;铁死亡刺激则同时加强前者、削弱后者。 |
从近1000种化合物里,又筛出了一个意外候选
既然MFF–SPARK可以把MFF激活转化成可检测信号,它自然也可以用于药物筛选。
研究人员筛选了大约1000种线粒体靶向相关化合物,获得了多个能够增强MFF–SPARK信号的候选,其中avermectin B1的响应最突出。
Avermectin B1对MFF–SPARK激活的EC50为11.98 μM。
进一步实验显示,它能够直接结合PKCβ,微量热泳动(microscale thermophoresis, MST)得到的解离常数 Kd约为0.22 μM;抑制或敲除PKCβ后,avermectin B1促进铁死亡的作用明显下降。
|
avermectin B1 → PKCβ → MFF Ser155磷酸化 → 细胞器分裂和ROS增加 → 铁死亡敏感性提高 |
研究人员随后进行了HCT-116肿瘤异种移植小鼠实验。
Avermectin B1以1 mg/kg、隔日腹腔给药,铁死亡诱导剂IKE以25 mg/kg、隔日给药。单独使用两种药物时,对肿瘤生长的影响都比较有限;联合治疗则明显抑制肿瘤生长。
相应地,联合治疗组肿瘤中的脂质过氧化、丙二醛(MDA)和4-羟基壬烯醛(4-HNE)均升高,而加入铁死亡抑制剂Lip-1后,这些变化被逆转,进一步支持抗肿瘤效应与铁死亡有关。
在该研究给出的动物实验条件下,没有观察到明显体重变化;进一步检测主要脏器重量、ALT、AST、BUN、肌酐以及主要脏器组织学,也没有发现可检测的明显异常。
|
这些结果证明的是一个小鼠模型中的药理学概念验证(proof of concept),并不能说明avermectin B1已经可以用于人体肿瘤铁死亡治疗,更不能据此推导人体有效剂量和安全剂量。 |
该研究改变的,是我们理解铁死亡的方式
过去谈论铁死亡,注意力往往集中在GPX4、FSP1、System Xc⁻、铁代谢以及脂质过氧化本身。
该研究向下多追了一层。
该研究提出了一个具有层级关系的模型:GPX4失活等事件首先产生氧化触发信号,而MFF介导的细胞器重塑则成为后续的“执行放大器”。
MFF招募DRP1后,同时推动线粒体和过氧化物酶体过度分裂;两个细胞器功能受损并产生更多ROS,又通过增强细胞器之间的交流进一步放大氧化压力。
线粒体ROS还可以促进VDAC1寡聚化以及线粒体DNA(mtDNA)释放,后期进一步激活cGAS–STING信号,为铁死亡提供另一层放大机制。
因此,线粒体碎片化在这里不再只是“细胞快死了,所以线粒体也坏了”。
该研究的数据支持另一种解释:细胞器形态改变本身就是铁死亡执行过程的一部分。
这是这项工作的概念价值。
它把铁死亡从一条以脂质过氧化为核心的线性通路,进一步扩展为一个由脂质信号、蛋白磷酸化、细胞器动态、跨细胞器ROS交流和代谢失衡共同构成的正反馈网络。该研究也因此将MFF定位为连接早期氧化触发与后期死亡执行的重要节点。
哪些问题还没有回答?
这项工作的机制证据相当完整,但仍有几个问题值得保持谨慎。
首先,PKCβ可能不是MFF的唯一上游调控者。论文自己也观察到,在缺乏PKC激酶活性的背景下,重新表达野生型MFF仍保留一定促进铁死亡的能力。MFF此前还被报道可以接受AMPK、PKD等不同应激信号,因此它更可能是一个应激整合节点,而不是只属于PKCβ这一条通路。
其次,这项工作的主体仍然是细胞模型和小鼠异种移植模型。根据论文的研究设计说明,细胞实验通常采用至少3个独立生物学重复,SPARK分析至少5个样本,动物实验每组至少6只;研究并没有通过统计学方法预先确定样本量。实验总体至少独立重复3次,但不同实验的盲法设置也有所不同。
|
从证据层级来看,“MFF是铁死亡的重要细胞器调控节点”具有较强的机制支持; “MFF Ser155可以成为疾病中的通用铁死亡生物标志物”仍需要更多组织和疾病背景验证; 而“靶向PKCβ–MFF可以成为人体抗肿瘤治疗方案”目前仍属于需要继续验证的转化假设。 |
这三句话,看起来只差一步,实际代表着三个完全不同的证据阶段。
它带来的重要发现,并不只是多找到了一个铁死亡相关蛋白,也不只是筛出了一个有趣的化合物。
更重要的是,研究把一个此前相对分散的问题串了起来:
|
脂质代谢产生17-HETE,PKCβ与DUSP22共同控制MFF Ser155磷酸化,MFF–DRP1同步改变线粒体和过氧化物酶体,跨细胞器ROS形成正反馈,最终将最初的氧化压力不断放大,推动细胞进入铁死亡。 |
而MFF–SPARK又进一步把这条机制,从一个需要事后验证的分子事件,变成了一个可以在活细胞中实时观察、甚至用于筛选药物的实验工具。
一条机制链,最终同时回答了三个问题:细胞如何感知铁死亡压力?这种压力如何被放大?我们又如何实时看到并干预这个过程?
这或许才是这项工作的核心价值。
参考文献