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Nature | 铁死亡终于可以“实时看见”:新研究开发了MFF–SPARK活细胞传感器

来源:生物探索 发表时间:2026-09-20 阅读:0
近日,《Nature》的研究报道 “Mitochondrial fission factor senses and governs ferroptosis” ,将视线转向了细胞器动态。研究人员发现,线粒体分裂因子(mitochondrial fission factor, MFF)不仅参与线粒体分裂,还可以通过Ser155位点磷酸化,同时重塑线粒体和过氧化物酶体,将局部氧化应激放大为跨细胞器的铁死亡信号。
更有意思的是,他们还把这一机制开发成了可以实时观察铁死亡的生物传感器,并进一步用于药物筛选。

从7587个磷酸化位点里,MFF为什么会被“捞”出来?

这项研究的起点不是某个预设靶点,而是一次相当系统的磷酸化蛋白质组学(phosphoproteomics)筛选。

研究人员分别诱导HeLa细胞发生铁死亡、凋亡(apoptosis)和程序性坏死(necroptosis),并将不同死亡模式的死亡比例控制在20%~40%,尽量保证不同组之间具有可比性。最终,他们获得了7587个高质量定量磷酸化位点,来自3144种磷酸化蛋白。

主成分分析(PCA)显示,不同细胞死亡方式形成了各自相对独立的磷酸化特征。也就是说,细胞虽然最终都走向死亡,但内部启动的信号网络并不相同。

研究人员随后把注意力集中到与铁死亡高度相关的候选蛋白,并逐一进行过表达和敲低实验。结果非常突出:在高排名候选中,只有MFF在RSL3和erastin诱导的铁死亡中均表现出超过30%的增强效应;反过来敲低MFF,则产生了最明显的保护作用。

更关键的是,MFF的Ser155磷酸化在铁死亡条件下明显富集。

MFF究竟只是细胞受到严重氧化损伤后出现变化的“伴随现象”,还是参与决定细胞是否进入铁死亡的功能节点?

敲掉MFF之后,细胞对铁死亡明显“没那么敏感了”

接下来的一系列实验开始回答因果关系。

研究人员通过CRISPR–Cas9敲除MFF后,RSL3和erastin诱导的细胞死亡均明显下降;重新表达MFF,则可以恢复这种铁死亡敏感性。

即使不是用药物,而是直接敲除GPX4来推动铁死亡,MFF缺失仍然具有保护作用。

但有意思的是,这种保护具有相当明显的死亡方式选择性。

MFF缺失对于STS诱导的凋亡,以及多种条件诱导的程序性坏死,影响很小或者没有明显影响。类似的铁死亡保护作用还在HT-1080、SH-SY5Y、HepG2、A549等多种细胞中得到验证。

与此同时,MFF缺失还能降低铁死亡过程中乳酸脱氢酶(LDH)释放、脂质过氧化和活性氧(reactive oxygen species, ROS)生成。

因此,至少在作者测试的这些细胞模型中,MFF并不是一个泛化的“细胞死亡蛋白”,它对铁死亡表现出了较强的选择性。

这也与MFF原有的生物学功能连接起来。

MFF位于线粒体外膜,可以募集动力蛋白相关蛋白1(dynamin-related protein 1, DRP1),推动线粒体分裂。研究中,无论敲除MFF还是DRP1,都可以明显减弱RSL3诱导的铁死亡;而在MFF和DRP1双敲除细胞中,只有同时重新表达二者,才能有效恢复铁死亡敏感性。

细胞器的“分裂”,究竟只是铁死亡造成的形态改变,还是死亡程序的一部分?

铁死亡过程中,被同时重塑的不只有线粒体

这可能是整项研究最值得关注的部分。

RSL3、erastin以及GPX4或SLC7A11缺失都可以造成明显的线粒体碎片化。更早的时候,线粒体膜电位已经下降,线粒体ROS开始升高,而此时细胞膜还没有完全失去完整性。

换句话说,线粒体异常不是细胞已经死亡之后才出现的结果。

但MFF影响的还不只是线粒体。

研究人员观察到,铁死亡过程中过氧化物酶体(peroxisome)也发生明显碎片化,其中ROS水平在RSL3或erastin处理后大约升高两倍。敲低MFF或DRP1,可以同时缓解线粒体和过氧化物酶体的碎片化与ROS积累。

随后,研究人员进一步削弱这两个细胞器的功能。

在缺失线粒体DNA的ρ0细胞中,重新表达MFF所带来的铁死亡促进作用明显减弱;缺失过氧化物酶体关键蛋白PEX5时也出现类似现象。而同时削弱线粒体DNA和PEX5后,RSL3诱导的细胞死亡几乎被消除。

这意味着,MFF所推动的铁死亡并不能简单理解为“线粒体坏了”。

它更像是一个由多个细胞器共同参与的放大网络。

铁死亡刺激后,线粒体与过氧化物酶体之间的物理接触增加,而且两者之间出现相互促进的ROS放大。值得注意的是,这种跨细胞器ROS交流在RSL3处理后60分钟内就已经可以观察到。

因此,在该研究提出的模型中,细胞器之间的交流不是死亡末期的附带现象,而可能属于铁死亡较早阶段的主动事件。

17-HETE把脂质代谢信号送到了MFF

问题随之向上游推进:是谁告诉MFF“现在该启动分裂了”?

研究人员进行了二十碳烷酸类代谢组学(eicosanoid metabolomics)分析,发现铁死亡过程中17-HETE和5,6-diHETE出现选择性积累。

但二者并不相同。

虽然两种分子都可以增强铁死亡,只有17-HETE的作用明显依赖MFF。

单独加入17-HETE,就足以促进线粒体和过氧化物酶体碎片化,同时增强二者之间的物理联系;MFF缺失后,这些变化大部分消失。

继续向上游追踪,研究人员发现细胞色素P450酶CYP4A11在RSL3或erastin处理后升高。敲除CYP4A11会削弱内源性17-HETE积累、线粒体碎片化和铁死亡,而直接补充17-HETE则能够绕过CYP4A11。

CYP4A11 → 17-HETE → MFF → 线粒体/过氧化物酶体重塑 → 氧化应激放大 → 铁死亡

而MFF真正接收这个信号的位置,集中到了一个氨基酸——Ser155。

一个Ser155位点,让MFF同时具有“传感”和“执行”能力

为了验证Ser155究竟是不是功能位点,研究人员在MFF敲除细胞中分别重新表达野生型MFF、不能被磷酸化的S155A突变体,以及模拟磷酸化状态的S155D突变体。

结果显示,S155A能够维持相对延长的线粒体和过氧化物酶体形态,并显著降低铁死亡。

与此同时,RSL3和erastin刺激后,MFF Ser155的磷酸化随时间逐渐增加;加入铁死亡抑制剂liproxstatin-1、ferrostatin-1或者铁螯合剂deferoxamine后,这一变化被明显阻断。

而在研究人员检测的凋亡和程序性坏死模型中,并没有观察到同样的Ser155磷酸化增强。

更进一步,在心肌缺血–再灌注以及高脂高胆固醇饮食诱导的脂肪肝动物模型中,也观察到了Ser155磷酸化升高。

这让MFF具备了一个很有意思的双重身份:

它既能够感知(sense)铁死亡相关信号,又能进一步执行和放大(govern/amplify)铁死亡过程。

不过需要强调:这些结果支持MFF Ser155磷酸化在作者测试模型中具有较好的铁死亡选择性,还不能直接等同于已经建立了适用于人体疾病诊断的“铁死亡特异性生物标志物”。

看不见的磷酸化事件,被变成了实时出现的绿色液滴

研究的另一个亮点,是研究人员没有止步于机制,而是进一步开发了一个名为MFF–SPARK的活细胞传感器。

原理并不复杂:当MFF Ser155对应的底物片段发生磷酸化后,两个组件发生结合并产生相分离(phase separation),在显微镜下形成绿色液滴;发生去磷酸化后,液滴又可以减少。

这样,原本需要裂解细胞后通过免疫印迹观察的磷酸化事件,就可以在活细胞中进行动态追踪。

这个传感器对RSL3的半数有效浓度(EC50)为213.4 nM。加入RSL3后仅约20分钟便可以检测到信号,最大响应达到基线的4.2倍。

其他经典铁死亡刺激同样可以激活它:ML162约12分钟出现响应,最高约3.2倍;FINO2约12分钟、3.7倍;erastin约60分钟、3.9倍;铁源FAC约80分钟、4.0倍。

相反,研究人员测试的凋亡和程序性坏死刺激没有产生类似响应。

因此,MFF–SPARK的价值不只是“又做了一个荧光探针”。

它把一个机制节点变成了可以实时检测、定量比较,并直接用于高通量筛选的功能性读出系统。

当然,它检测的是MFF Ser155这一特定分支的激活程度,而不是对所有生物学背景下所有类型铁死亡的无条件判定。

谁踩下油门,谁又负责刹车?

有了MFF–SPARK,研究人员开始寻找控制Ser155磷酸化的上游酶。

在多种候选激酶中,蛋白激酶C(protein kinase C, PKC)的作用最突出。进一步比较PKCα、β、γ、δ和ζ后,只有PKCβ能够强烈激活MFF–SPARK。

敲除PKCβ后,RSL3诱导的MFF Ser155磷酸化明显下降;重新表达有活性的PKCβ则可以恢复效应,而激酶失活型PKCβ不行。

另一边,研究人员利用一个大约包含200种磷酸酶的内部文库进行筛选,找到了DUSP22。

DUSP22可以直接与MFF相互作用,并对Ser155进行去磷酸化。失去DUSP22后,细胞对铁死亡更加敏感;但如果MFF本身已经缺失,或者换成不能发生Ser155磷酸化的S155A突变体,这种效应就大幅减弱。

更巧妙的一点在于,RSL3和17-HETE同时从两个方向推动这个开关:一方面促进PKCβ活化和膜转位,另一方面降低DUSP22水平。

PKCβ负责增加MFF Ser155磷酸化,DUSP22负责将它去磷酸化;铁死亡刺激则同时加强前者、削弱后者。

从近1000种化合物里,又筛出了一个意外候选

既然MFF–SPARK可以把MFF激活转化成可检测信号,它自然也可以用于药物筛选。

研究人员筛选了大约1000种线粒体靶向相关化合物,获得了多个能够增强MFF–SPARK信号的候选,其中avermectin B1的响应最突出。

Avermectin B1对MFF–SPARK激活的EC50为11.98 μM。

进一步实验显示,它能够直接结合PKCβ,微量热泳动(microscale thermophoresis, MST)得到的解离常数 Kd约为0.22 μM;抑制或敲除PKCβ后,avermectin B1促进铁死亡的作用明显下降。

avermectin B1 → PKCβ → MFF Ser155磷酸化 → 细胞器分裂和ROS增加 → 铁死亡敏感性提高

研究人员随后进行了HCT-116肿瘤异种移植小鼠实验。

Avermectin B1以1 mg/kg、隔日腹腔给药,铁死亡诱导剂IKE以25 mg/kg、隔日给药。单独使用两种药物时,对肿瘤生长的影响都比较有限;联合治疗则明显抑制肿瘤生长。

相应地,联合治疗组肿瘤中的脂质过氧化、丙二醛(MDA)和4-羟基壬烯醛(4-HNE)均升高,而加入铁死亡抑制剂Lip-1后,这些变化被逆转,进一步支持抗肿瘤效应与铁死亡有关。

在该研究给出的动物实验条件下,没有观察到明显体重变化;进一步检测主要脏器重量、ALT、AST、BUN、肌酐以及主要脏器组织学,也没有发现可检测的明显异常。

这些结果证明的是一个小鼠模型中的药理学概念验证(proof of concept),并不能说明avermectin B1已经可以用于人体肿瘤铁死亡治疗,更不能据此推导人体有效剂量和安全剂量。

该研究改变的,是我们理解铁死亡的方式

过去谈论铁死亡,注意力往往集中在GPX4、FSP1、System Xc⁻、铁代谢以及脂质过氧化本身。

该研究向下多追了一层。

该研究提出了一个具有层级关系的模型:GPX4失活等事件首先产生氧化触发信号,而MFF介导的细胞器重塑则成为后续的“执行放大器”。

MFF招募DRP1后,同时推动线粒体和过氧化物酶体过度分裂;两个细胞器功能受损并产生更多ROS,又通过增强细胞器之间的交流进一步放大氧化压力。

线粒体ROS还可以促进VDAC1寡聚化以及线粒体DNA(mtDNA)释放,后期进一步激活cGAS–STING信号,为铁死亡提供另一层放大机制。

因此,线粒体碎片化在这里不再只是“细胞快死了,所以线粒体也坏了”。

该研究的数据支持另一种解释:细胞器形态改变本身就是铁死亡执行过程的一部分。

这是这项工作的概念价值。

它把铁死亡从一条以脂质过氧化为核心的线性通路,进一步扩展为一个由脂质信号、蛋白磷酸化、细胞器动态、跨细胞器ROS交流和代谢失衡共同构成的正反馈网络。该研究也因此将MFF定位为连接早期氧化触发与后期死亡执行的重要节点。

哪些问题还没有回答?

这项工作的机制证据相当完整,但仍有几个问题值得保持谨慎。

首先,PKCβ可能不是MFF的唯一上游调控者。论文自己也观察到,在缺乏PKC激酶活性的背景下,重新表达野生型MFF仍保留一定促进铁死亡的能力。MFF此前还被报道可以接受AMPK、PKD等不同应激信号,因此它更可能是一个应激整合节点,而不是只属于PKCβ这一条通路。

其次,这项工作的主体仍然是细胞模型和小鼠异种移植模型。根据论文的研究设计说明,细胞实验通常采用至少3个独立生物学重复,SPARK分析至少5个样本,动物实验每组至少6只;研究并没有通过统计学方法预先确定样本量。实验总体至少独立重复3次,但不同实验的盲法设置也有所不同。

从证据层级来看,“MFF是铁死亡的重要细胞器调控节点”具有较强的机制支持;

“MFF Ser155可以成为疾病中的通用铁死亡生物标志物”仍需要更多组织和疾病背景验证;

而“靶向PKCβ–MFF可以成为人体抗肿瘤治疗方案”目前仍属于需要继续验证的转化假设。

这三句话,看起来只差一步,实际代表着三个完全不同的证据阶段。

它带来的重要发现,并不只是多找到了一个铁死亡相关蛋白,也不只是筛出了一个有趣的化合物。

更重要的是,研究把一个此前相对分散的问题串了起来:

脂质代谢产生17-HETE,PKCβ与DUSP22共同控制MFF Ser155磷酸化,MFF–DRP1同步改变线粒体和过氧化物酶体,跨细胞器ROS形成正反馈,最终将最初的氧化压力不断放大,推动细胞进入铁死亡。

而MFF–SPARK又进一步把这条机制,从一个需要事后验证的分子事件,变成了一个可以在活细胞中实时观察、甚至用于筛选药物的实验工具。

一条机制链,最终同时回答了三个问题:细胞如何感知铁死亡压力?这种压力如何被放大?我们又如何实时看到并干预这个过程?

这或许才是这项工作的核心价值。

 
 

参考文献

 
Dai S, Dai X, Zhang T, Qi Y, Yang X, Diao P, Ge C, Huang W, Ran J, Yang X, Zhang P, Zheng K, Wang R, Qian H, Zhang K, Wu J, Fu C, Ba Q, Min J, Wang F, Zhang Q. Mitochondrial fission factor senses and governs ferroptosis. Nature. 2026 Sep 16. doi: 10.1038/s41586-026-11020-6. Epub ahead of print. PMID: 42749797.