LysoTracker Red 为红色荧光标记的溶酶体探针，具有 577/590 nm 的最大激发/发射波长。结构上由一个荧光基团和相连的弱碱基构成，可自由穿过细胞膜，一般聚集在球形细胞器上，适用于观察溶酶体内部生物合成及相关发病机理。

DiR 是一种长链碳菁染料。碳菁染料广泛用作亲脂性示踪剂，用于标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。

JC-1 (CBIC2) 是一种广泛用于检测线粒体膜电位的理想荧光探针。JC-1 染料以电势依赖性的方式积聚在线粒体内，可以用来检测细胞、组织或纯化的线粒体膜电位。正常线粒体内，JC-1 聚集在线粒体基质中形成聚合物，聚合物发出强烈的红色荧光 (Ex=585 nm, Em=590 nm) ；在线粒体膜电位较低时，JC-1不能聚集在线粒体的基质中，产生绿色荧光 (Ex=510 nm, Em=527 nm) 。

Hoechst 33342 是 Hoechst 系列的标记染料。Hoechst 系列是活细胞核标记染料。Hoechst 通过结合 DNA 双链中的小沟而结合核酸。Hoechst 倾向于结合富含 A/T 的 DNA 链。同时，富含 A/T 的双链 DNA 使荧光强度显著增强。Hoechst 可穿过细胞膜，结合活细胞或固定细胞。Hoechst 染料的荧光强度随着溶液 pH 升高而增强。

D-Luciferin potassium 是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，对萤火虫产生典型的黄绿光进行催化。该反应产生的 560 nm 化学发光在几秒钟内达到峰值，当底物荧光素过量时，光输出与荧光素酶浓度成正比。荧光素酶 (luc) 基因是研究和活性分子筛选的常用报告基因。化学发光技术实际上是无背景的，使得 luc 报告基因成为检测低水平基因表达的理想选择。在标准荧光计数仪中可以可靠地测量到 0.02 pg 的荧光素酶。除了用于基因表达的外，荧光素酶还用于 ATP 的检测。MCE提供萤火虫荧光素酶 (HY-P1004A) 、荧光素游离酸 (HY-12591A) 及其水溶性钠盐 (HY-12591) 和钾盐 (HY-12591B) 。

FITC，英文全称 Fluorescein Isothiocyanate，中文名称异硫氰酸荧光素，是生物学中应用最为广泛的一种绿色荧光素衍生物。FITC 具有高吸收率和优良的荧光量子产率等特点。FITC 的异硫氰酸基团可与蛋白质上的氨基、巯基、咪唑、酪氨酰、羰基等基团相结合，从而实现包括抗体，凝集素在内的蛋白标记。FITC 除了用作蛋白质标记物，还可用作蛋白质荧光示踪剂，通过标记抗体而快速鉴定病原体，或是用于蛋白质和多肽（HPLC）的微量测序。FITC 的最大激发波长为 494 nm。一旦激发，在最大发射波长 520 nm 处呈黄-绿色荧光。此外，FITC 也是一种能诱发接触超敏反应 (CHS) 的半抗原，并诱导特应性皮炎模型。

Cyanine5 DBCO (DBCO-Cy5) hexafluorophosphate 是一种低毒的叠氮化物反应探针 (近红外荧光染料)，可通过无铜“点击反应”对叠氮化物标记的生物分子进行成像 (Ex=635 nm, Em=650-700 nm)。Cyanine5 DBCO hexafluorophosphate 无明显的细胞和动物毒性，并且不影响靶细胞 (叠氮化标记细胞) 以外的其他细胞的生理功能。Cyanine5 DBCO hexafluorophosphate 可用于体内外细胞的标记和追踪。

C-phycocyanin (C-PC) 是一种蛋白质色素，也广泛用作人类的优良营养补充剂。

Janelia Fluor 646, SE (JF646, SE) 是一种红色荧光染料可用于细胞成像实验中。Janelia Fluor 产品根据美国专利获得许可，来自 Howard Hughes Medical Institute 的 No.9,933,417，10,018,624，10,161,932 和其他专利。