Thiazole Orange 是一种不对称的花青素染料，可与寡核苷酸 (ONs) 偶联制备荧光杂交探针。Thiazole Orange 被广泛应用于生物分子检测和胶体中的 DNA/RNA 染色，并可用于网织红细胞分析。Thiazole Orange 与核酸，特别是 RNA 结合时，会产生显著的荧光增强和高量子产率。Thiazole Orange 能够穿透活细胞膜。Thiazole Orange 可以利用紫外光进行检测，也可以用蓝光进行检测。Thiazole Orange 的激发和发射波长分别为 λex = 510 nm (488 nm 和 470 nm 也有强激发) 和 λem = 527 nm。

Stains-All，一种阳离子碳菁染料，是研究钙调蛋白 (CaM) 和相关钙结合蛋白 (CaBP) 的各个钙结合位点的结构特征的便捷探针。

Thiazole orange dimer YOYO 1 (YOYO 1) 是一种无法穿透细胞膜的碳菁二聚体，本身无荧光，当与双链 DNA (dsDNA) 结合时，其荧光强度可显著增强。Thiazole orange dimer YOYO 1 可作为细胞核复染剂或死细胞指示剂 (Ex/Em = 505/512 nm)。

6-HEX 是一种荧光基团，荧光团激发波长为 532 nm，发射波长为 556 nm。6-HEX 可用于标记核酸序列，设计荧光引物。6-HEX 标记的核酸可使用氩激光的 543 nm 射线识别，在 550 和 650 nm 的发射光谱 (5 nm 带宽) 下，实现对复杂组织或异质细胞群中基因的定位。

DMHBO+ 是一种阳离子发色团，可与 Chili 适体结合，Kd 为 12 nM。Chili-DMHBO+ 复合物是罗丹明染料 Atto 590 FRET 的理想荧光供体，适用于细胞中 RNA 成像。Ex/Em=456/592 nm。

JOE 是一种呫吨类荧光团 (即 4′,5′-dichloro-2′,7′-dimethoxy-5(6)-carboxyfluorescein；2',7'-dimethoxy-4',5'-dichloro-6-carboxyfluorescein)，吸收波长约为 525 nm，发射波长约为 550 nm。JOE 的荧光量子产率与连接臂的刚性及与 dG 核苷的距离相关。JOE 常被用作寡核苷酸和分子信标探针的荧光标记物，同时也作为 DNA 测序用荧光能量转移引物中的受体荧光团。