Octadecyl Rhodamine B chloride 是一种两亲性荧光探针，兼具膜结合能力与荧光特性，在水相中易形成聚集体导致自猝灭。Octadecyl Rhodamine B chloride 可用于细胞膜染色，进而用于膜生物学的研究。Octadecyl Rhodamine B chloride 单体在 Triton X-100 中最大吸收/发射波长为 565 nm/585 nm; 聚集体在水中吸收峰蓝移至 524 nm 和 574 nm，荧光显著猝灭。

JC-10 是一种亲脂性线粒体膜电位指示剂，同时也是一种荧光染料。JC-10 会在健康线粒体中聚集并形成聚集体，发出红色荧光；而在细胞质或线粒体膜电位崩溃的凋亡细胞中则以单体形式存在，发出绿色荧光，因此可通过绿/红荧光比值测定线粒体去极化。

Alizarine Yellow R (Mordant orange 1)，Salicylic acid (HY-B0167) 衍生物，是一种偶氮染料。Alizarine Yellow R 可用作 pH 指示剂，还可在化学检验和染色工业中用作生物染料。

INDO 1 pentapotassium 是一种细胞不渗透性的 Ca2+ (钙离子) 荧光探针，在发射荧光的同时特异性地与 Ca2+ 结合，最大发射波长从结合前的 485 nm 向结合后的 410 nm 偏移。

DiO 是一种长链碳菁染料。碳菁染料广泛用作亲脂性示踪剂，用于标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。

高尔基体是由单位膜构成的扁平囊叠加在一起所组成。扁平囊为圆形，边缘膨大且具有穿孔。 高尔基体荧光探针是一种 BODIPY 标记的神经酰胺衍生物。神经酰胺的合成发生在内质网，高尔基体荧光探针可以通过神经酰胺转运蛋白（CERT）或囊泡转运输送到高尔基体，从而实现染料的特异性标记。BODIPY Fl C5-Ceramide 是一种高尔基体特异性绿色荧光染料，可实现单个细胞可视化。Ex/Em=505 nm/512 nm。

6-NBDG 是一种荧光葡萄糖类似物，可以用于荧光成像和监测葡萄糖转运和摄取。6-NBDG 可作为荧光探针检测巨噬细胞的动脉硬化斑块。

Thiazole Orange 是一种不对称的花青素染料，可与寡核苷酸 (ONs) 偶联制备荧光杂交探针。Thiazole Orange 被广泛应用于生物分子检测和胶体中的 DNA/RNA 染色，并可用于网织红细胞分析。Thiazole Orange 与核酸，特别是 RNA 结合时，会产生显著的荧光增强和高量子产率。Thiazole Orange 能够穿透活细胞膜。Thiazole Orange 可以利用紫外光进行检测，也可以用蓝光进行检测。Thiazole Orange 的激发和发射波长分别为 λex = 510 nm (488 nm 和 470 nm 也有强激发) 和 λem = 527 nm。

C-12 NBD cholesterol 是一种具有亲水性荧光团 NBD 标记的胆固醇衍生物 (NBD：Ex=465 nm, Em=535 nm)。C-12 NBD cholesterol可用于研究胆固醇的利用和代谢。